نام مبارك امام پنجم محمد بود . لقب آن حضرت باقر يا باقرالعلوم است ,بدين جهت كه : درياى دانش را شكافت و اسرار علوم را آشكارا ساخت .
القاب ديگرى مانند شاكر و صابر و هادى نيز براى آن حضرت ذكر كردهاند كه هريك بازگوينده صفتى از صفات آن امام بزرگوار بوده است . كنيه امام ابوجعفر بود .مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبى ( ع )است . بنابراين نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اكبر حضرت امام حسن ( ع )و از سوى پدر به امام حسين ( ع ) مي رسيد . پدرش حضرت سيدالساجدين , امام زين العابدين , على بن الحسين ( ع) است .تولد حضرت باقر ( ع ) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57 هجرى در مدينه جانگداز كربلا همراه پدر و در كنار جدش حضرت سيدالشهداء كودكى بود كه به چهارمين بهار زندگيش نزديك مي شد .
دوران امامت امام محمد باقر ( ع ) از سال 95 هجرى كه سال درگذشت امام زين العابدين ( ع ) است آغاز شد و تا سال 114 ه . يعنى مدت 19 سال و چند ماه ادامه داشته است .
در دوره امامت امام محمد باقر ( ع ) و فرزندش امام جعفرصادق ( ع ) مسائلى مانند انقراض امويان و بر سر كار آمدن عباسيان و پيدا شدن مشاجرات سياسى و ظهور سرداران و مدعيانى مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانى و ديگران مطرح است , ترجمه كتابهاى فلسفى و مجادلات كلامى در اين دوره پيش مي آيد , و عدهاى از مشايخ صوفيه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پيدا مي شوند .
قاضيها و متكلمانى به دلخواه مقامات رسمى و صاحب قدرتان پديدميآيند و فقه و قضاء و عقايد و كلام و اخلاق را - بر طبق مصالح مراكز قدرت خلافت شرح و تفسير مينمايد , و تعليمات قرآنى - به ويژه مسأ له امامت و ولايت را , كه پس از واقعه عاشورا و حماسه كربلا , افكار بسيارى از حق طلبان را به حقانيت آل على ( ع ) متوجه كرده بود , و پرده از چهره زشت ستمكاران اموى ودين به دنيا فروشان برگرفته بود , به انحراف ميكشاندند و احاديث نبوى را دربوته فراموشى قرار ميدادند .
برخى نيز احاديثى به نفع دستگاه حاكم جعل كرده ويا مشغول جعل بودند و يا آنها را به سود ستمكاران غاصب خلافت دگرگون مينمودند .
اينها عواملى بود بسيار خطرناك كه بايد حافظان و نگهبانان دين در برابر آنهابايستند .
بدين جهت امام محمد باقر ( ع ) و پس از وى امام جعفر صادق ( ع )از موقعيت مساعد روزگار سياسى , براى نشر تعليمات اصيل اسلامى و معارف حقه بهره جستند , و دانشگاه تشيع و علوم اسلامى را پايه ريزى نمودند .
زيرا اين امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان و نگهبانان حقيقى تعليمات پيامبر( ص ) و ناموس و قانون عدالت بودند , و ميبايست به تربيت شاگردانى عالم و عامل و يارانى شايسته و فداكار دست يازند , و فقه آل محمد ( ص ) را جمع و تدوين و تدريس كنند .
به همين جهت محضر امام باقر ( ع ) مركز علماء ودانشمندان و راويان حديث و خطيبان و شاعران بنام بود .
در مكتب تربيتى امام باقر ( ع ) علم و فضيلت به مردم آموخته مي شد .