یکی از نتایج وحدت حوزه و دانشگاه، تلاش و همدلی آنها در راه مبارزه با تهاجم فرهنگی است. این تهاجم که به صورت نامحسوس و بی سروصدا روی می دهد، نیازمند هم یاری اندیشمندان و نخبگان است تا با بررسی جنبه ها و ریشه های آن، نسخه مقابله با تهاجم فرهنگی دشمن را به جامعه عرضه کنند.
در این زمینه حوزه های علمیه می توانند با نقش آفرینی در محورهایی چون تبیین همه جابنه اسلام و آموزه های آن به زبان امروزی، ترسیم پایه های تفکر اسلامی در قالب رشته های علوم انسانی، گسترش معنویت و تغذیه کردن تمام جامعه از این نظر، اهمیت بیشتر به تبلیغ در راستای ترویج دین و معرفی الگوی مناسب عملی برای سبک زندگی به مردم، به رسالت خود عمل کنند. در آن سو، دانشگاهیان نیز با بهره مندی از علم روز دنیا و شناخت پدیده های اجتماعی و فرهنگی، می توانند به اهداف دشمن در تهاجم فرهنگی پی برند و از این راه، به استخراج شیوه های تازه و کارآمد در برخورد با چنین جنگ نابرابری بپردازند. بی گمان، هیچ یک از این دو نهاد، بدون تعامل هدفمند با دیگری، نمی تواند از رویارویی با ستیز فرهنگی دشمن، سربلند بیرون آید.
جنبش نرم افزاری و ضرورت وحدت حوزه و دانشگاه
پیام جنبش نرم افزاری که رهبر معظم انقلاب در آغاز بیست و پنجمین سالگرد انقلاب اسلامی مطرح کرد، به سرعت در بین نخبگان علمی و فرهنگی حوزه و دانشگاه فراگیر شد و به تدریج، گفتمان غالب در نسل دوم و سوم انقلاب را تحت تأثیر خود قرار داد.
ایشان در تاریخ نهم اسفند سال 1379درباره نواندیشی علمی، خطاب به دانشگاهیان فرمود: «یکی از وظایف مهم دانشگاه ها، عبارت است از نواندیشی علمی. باید توجه داشت که مسئله تحجر فقط بلای محیط های دینی و افکار دینی نیست. در همه محیط ها، تحجر، ایستایی و پای بند بودن به جزمی گرایی هایی که بر انسان تحمیل شده ـ بدون اینکه متعلق درستی به دنبال باشد ـ یک بلاست. آنچه برای یک محیط علمی و دانشگاهی، وظیفه آرمانی محسوب می شود، این است که در زمینه مسائل علمی نواندیش باشد.
ایشان همچنین در پانزدهم مهرماه همان سال خطاب به حوزویان می فرماید: «بدون تحقیق، بدون نوآوری، بدون ژرف یابی، انسان در هیچ مقوله ای نمی تواند به هدف های والا دست پیدا کند. اگر این نوآوری دینی، این ژرف یابی و تحقیق و پژوهش نباشد، نتیجه همان یک جا ایستادن و درجا زدن و با دنیای پیرامون خود به تدریج بیگانه تر شدن خواهد شد.